根據潔凈室的特點，它主要有以下幾大系統組成：
（1）維護結構（用材不產塵積塵、耐擦洗）；
（2）凈化送、回、排風系統；
（3）給排水系統；
（4）強電系統；
（5）弱電自控系統。只有每個系統都正常，才能保證潔凈室的正常運行。其維護專業性強，要建立專業的組織維保隊伍進行維護保養工作十分重要。
1、建立長期穩定的維保小組
有條件的醫院可自己組建維護小組，在潔凈室的施工過程中特別是在調試、檢測過程中就參與其中，可較深入的了解各系統的原理、系統組成、調控方法等，以便很快的適應進入角色。
現在有專業的維保企業專門從事潔凈室的維保工作，沒有條件的醫院可以委托他們對本院潔凈室進行維保，以確保潔凈室正常運轉。
2、制定完善的工作規程
醫院潔凈室是醫院的重要部門（交叉污染的幾率較大），一定要控制好，要制定好嚴格的工作規程，分日、周、月、季、年的維保規程，并做好記錄備查。
新風過濾器問題：潔凈室的新風是保證人員正常呼吸及維持房間正壓的保障系統，目前設計未引起重視，主要是更換過濾器不方便，這個問題要根據現場實際情況進行合理布置，目的就是要很方便的拆卸更換。以保證潔凈室的新風供給。
3、應急保障
現在科技發展很快，儀器、設備的自動化水平很高，對一些控制系統應增加手動切換旁路，以備急用，如：UPS、EPS、變頻器等。醫院潔凈室是現代醫院的主要組成部分，是易產生交叉感染的區域，一定要用好、管好，切實保障病人、醫護人員的身心健康。建設好我們醫學潔凈實驗室。
